（一）办公室

　　负责机关日常运转工作，承担政务、党务、纪检、党风廉政建设、精神文明建设等工作。负责组织综合材料的起草和机关文秘、档案、保密、接待、后勤保障、财务、保卫、调研、信息、宣传、信访、督查、政务公开、史志年鉴编撰、规章制度建设等综合性事务工作。负责机关及所属单位机构编制、人事管理、劳动工资、职称管理等工作，指导所属单位组织实施目标责任考核及干部监督工作，指导水利系统人才队伍建设工作。

 

　　（二）规划财务科

　　组织编制全市重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重点水利工程项目建议书、可行性研究报告。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织指导有关防洪论证工作，组织开展大型调水工程前期工作。提出全市水利基本建设投资计划，负责管理权限内各类水利资金的计划分配与监督。负责部门预决算的编制和执行。负责部门及所属单位的国有资产管理等工作。统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。承担水利统计工作。

 

　　（三）水利工程建设管理科

　　负责全市水利工程建设管理工作，按规定权限审批重点水利工程初步设计。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。负责落实综合防灾减灾规划，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。负责洪泛区、蓄滞洪区、防洪保护区洪水影响评价的报批工作。承担水利工程质量的监督检查，指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设工作。负责水库移民工作。指导实施具有控制性的和跨旗县区的重要水利工程建设与运行管理。承担全市水利行业安全生产工作，组织指导全市水库、水电站等水利工程安全监管工作，负责调查处理并协调解决重大水利安全事故。

 

　　（四）农牧水利水保科

　　指导开展大中型灌排工程建设与改造，按规定权限审批重点农牧水利水保工程初步设计。指导农村牧区饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理。指导全市农村牧区水利社会化服务体系建设，组织拟订农村牧区水能资源开发规划，指导农村牧区小水电开发、规划和建设管理等农村水能资源开发工作。负责全市水土流失综合防治工作。组织编制水土保持规划并监督实施，组织全市水土保持监测、预报工作。审批生产建设项目水土保持方案并监督实施。

 

　　（五）水政水资源科

　　按权限参与拟订涉水的规范性文件，会同有关部门研究拟订水利工作的政策并监督实施。承办水利行政应诉、行政复议、行政赔偿工作。负责水行政执法监督工作，组织指导水政监察工作和水行政执法工作。协调调处跨旗县区的水事纠纷，查处全市重大涉水违法事件。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，负责全市水资源管理、配置、节约和保护工作。组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度。指导水量分配和水资源调度工作并监督实施，组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作。组织指导全市水权制度建设，负责水特许经营的审批及管理工作。组织编制并发布水资源公报，参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。负责全市主要河湖泊和重要水工程的防御洪水、抗御旱灾应急水量调度方案的报批并组织实施。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导节约用水工作，指导和推动节水型社会建设工作。

 

　　（六）河湖管理科

　　负责巴彦淖尔市河（湖）长制办公室的日常工作。负责推进河（湖）长制工作的组织协调、调度督导和考核考察工作，组织河湖长制工作的协调、调度、督导和考核工作。承担督导河流、湖泊、水域及其岸线的管理和保护工作。组织指导河流、湖泊采砂管理和河道管理范围内建设项目管理等工作。负责水利科技信息工作，承担全市水利信息化建设与管理工作，指导水利信息化运行管理。负责编制全市水利科技教育发展规划并组织实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科学推广。负责执行水利行业技术标准、规程规范并监督实施；负责水利职工科技教育培训等工作。